Deux associations soutiennent les activités des Institutions zoologiques chaux-de-fonnières, l'Association des amis du Musée d'histoire naturelle et l'Association des amis du Bois du Petit-Château. En rejoignant l'Association des amis du Musée d'histoire naturelle, vous bénéficierez de réductions sur les publications des Éditions de la Girafe et serez tenus au courant de son programme d'activité. Un voyage est aussi organisé chaque année pour les membres de l'association. Le rôle principal de l'Association des amis du Bois du Petit-Château est de soutenir finacièrement l'institution, et tout particulièrement sa station de soins.