Le Musée d’histoire naturelle dispose d’une importante bibliothèque de référence (ouvrages de détermination) de plusieurs milliers de titres référencés sur le catalogue électronique RERO (Réseau des bibliothèques de Suisse occidentale) et consultables sur place. Sur rendez-vous, les collaborateurs du musée peuvent accueillir écoliers et collégiens afin de les conseiller et de mettre à leur disposition de la documentation nécessaire à la préparation d’exposés. Revues Nos Oiseaux (dès 1913, collection complète) Ornithologischer Beobachter (dès le volume 11, 1914) Gesnerus La Salamandre Le Rameau de Sapin (complet) Bulletin de l’OCIM (complet) Myotis La Hulotte (complet) Bulletin (dès le volume 6) et Mémoires (p.p.) de la SNSN Bulletin de la SNG (p.p.) Cavernes Le Rhinolophe Actes de la Société helvétique des sciences naturelles Protection de la Nature (Pro Natura), Le Dahu (WWF Neuchâtel, complet) Le Héron Museologia scientifica La Revue Durable (complet) Fonds Fonds Dr Albert Monard Fonds Dr Georges Dubois (travaux personnels en parasitologie) Fonds Prof. Franz Allemann (géologie) Bibliothèque d’arachnologie du Professeur Legendre Tirés-à-part d’hydrobiologie en provenance de l’Institut de zoologie de l’Université de Neuchâtel Ouvrages remarquables Papillons de Seitz Edition originale in-quarto de Buffon plusieurs dictionnaires d’histoire naturelle illustrés datant du XIXème siècle.