Le Musée d'histoire naturelle organise tout au long de l'année diverses animations en lien ou non avec les expositions en cours.
De décembre à mars a lieu le Cinénature, un cycle de projections mensuelles de films sur des thèmes naturalistes, souvent en présence des réalisateurs.
Au printemps ont régulièrement lieu la Nuit de la chouette ou le Petit-matin de l'oiseau chanteur (mars-avril), ainsi que la Nuit des musées (mai). Au coeur de l'été, le public est invité à s'associer à la Nuit des chauves-souris.
À ce programme s'ajoutent des animations ponctuelles liées aux expositions. En rapport avec celles-ci, notre service pédagogique propose aussi un matériel didactique à destination des enseignants qui souhaitent organiser des visites ou des activités au Musée, au Vivarium ou au parc zoologique du Bois du Petit-Château.